為加強跨地區經營匯總納稅企業所得稅的征收管理，根據《財政部 國家稅務總局 中國人民銀行關于印發〈跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理辦法〉的通知》（財預[2012]40號）（以下簡稱40號文件）等的精神，稅務總局在充分調查研究的基礎上，對《國家稅務總局關于印發<跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法>的通知》（國稅發[2008]28號）（以下簡稱28號文件）進行了修訂和完善，制定了《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》（以下簡稱《辦法》），并發布公告。現將《辦法》的主要內容解讀如下：
　　一、如何把握40號文件的主要政策變化點？
　　與《財政部 國家稅務總局 中國人民銀行關于印發<跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法>的通知》（財預[2008]10號)相比，40號文件的政策變化點主要體現在：（1）明確總分機構參與匯算清繳稅款分配，即匯算清繳應補應退稅款按照預繳分配比例分配給總分機構，由總分機構就地辦理稅款繳庫或退庫，改變了匯繳補退稅均通過中央國庫辦理、總分機構都不參與就地分享的做法。（2）明確了總分機構查補稅款就地入庫問題，突破了就地監管的政策瓶頸。（3）不適用范圍的調整，企業所得稅全額歸屬中央收入的企業由14家調整為15家。（4）分支機構“三因素”所屬區間的調整，統一確定為上年度，不再區分上上年度和上年度。（5）明確當年撤銷的分支機構自辦理注銷稅務登記之日起不參與分攤，不再從第二年起才不參與分攤。（6）采用會計準則的表述和口徑，將“三因素”中的“經營收入”改為“營業收入”，“職工工資”調整為“職工薪酬”，對“資產總額”的解釋不再排除無形資產。（7）增設和修訂了若干預算科目。這些政策變化點，都已完整地體現在《辦法》相關條款中。
　　二、現行跨地區經營匯總納稅企業所得稅征管的文件主要有哪些？《辦法》與這些文件的關系是什么？
　　現行跨地區經營匯總納稅企業所得稅征管方面的文件，主要包括28號文件、國稅函[2008]747號、國稅函[2008]958號、國稅函[2009]221號、國稅發[2009]79號、國稅發[2008]120號、稅務總局公告2011年第25號、稅務總局公告2012年第12號等文件，其中，28號文件是核心規定，其他文件是重要補充。
　　《辦法》以28號文件為母版進行了增減修訂，增加了二級分支機構判定（第四條、第二十三條、第二十四條）、不同稅率地區計算（第十八條）和計算差錯糾正（第二十條）（來自國稅函[2009]221號），新設分支機構判定（第十六條）（來自國稅函[2008]958號），分支機構匯繳報送資料（第十一條）（來自國稅函[2009]221號、國稅發[2009]79號），資產損失管理（第二十五條）（來自稅務總局公告2011年第25號），稅收優惠管理（第二十六條）（來自稅務總局公告2012年第12號），不得核定征收（第三十一條）（來自國稅函[2008]747號），征管范圍劃分（第三十條）（來自國稅發[2008]120號）等很多現行有效規定，并進行了更為準確和精煉地表述。
　　三、如何把握《辦法》的基本框架和主要內容？
　　《辦法》共三十三條，分為總則、稅款預繳和匯算清繳、總分機構分攤稅款的計算、日常管理、附則等五部分。具體來說：
　　第一章：總則（共五條）。主要包括立法依據、適用范圍、總體管理辦法等規定，解決了《辦法》中一般性和總括性的重要問題。
　　第二章：稅款預繳和匯算清繳（共七條）。主要包括稅款分配基本格局、預繳申報和匯繳申報的內容，屬于匯總納稅企業所得稅征收管理中的征收部分，突出了匯繳申報中分支機構分配表（第十一條）的作用，明確首次預繳申報時報送分支機構上一年度的年度財務報表（或年度財務狀況和營業收支情況）（第九條），以利于相互比對，也有利于就地啟動稅務檢查。
　　第三章：總分機構分攤稅款的計算（共八條）。概括了總機構、分支機構計算分攤稅款的全過程，與28號文件相比，這一計算過程更加完整和系統，突出強調了總機構計算公式（第十三條）、分支機構計算公式（第十四條）、分支機構“三因素”所屬區間（第十七條）、總分機構不同稅率情況下的計算（第十八條）和計算錯誤的處理（第二十條）。
　　第四章：日常管理（共十一條）。初步搭建了一個涵蓋稅務登記信息溝通、二級分支機構判定、掛靠機構處理、資產損失管理、稅收優惠管理、稅務檢查（稅款計算、分配、信息溝通）、信息平臺建設和維護、總分機構主管稅務機關劃分、征收方式鑒定等較為系統的日常管理體系。突出了溝通與協作的重要性（第四章），強調了就地監管機制中“二級分支機構判定”（第二十三條、二十四條）和“就地檢查”（第二十七條、二十八條）的管理抓手作用。
　　第五章：附則（共兩條）。包括授權條款、施行時間、廢除文件和新舊銜接條款。
　　四、跨地區經營匯總納稅企業如何進行企業所得稅匯算清繳？
　　《辦法》第十條規定：匯總納稅企業匯算清繳時，由總機構匯總計算企業年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照規定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。同時明確：涉及退稅時，也可經總、分機構同意后分別抵繳其下一年度應繳企業所得稅稅款。第十一條規定了總分支機構匯算清繳時應報送的申報表、財務報表及其他相關資料。
　　納稅人關注的是分支機構是否要實質地參與匯算清繳，是否進行年度納稅調整，從上述規定可以看出，匯算清繳的主體仍然是總機構，分支機構并不需要進行年度納稅調整，自行計算應納稅所得額和應納稅額，只是根據總機構填報的分配表中應繳應退的稅款，就地申報補退稅。為了保證匯繳工作的順利進行，也需要分支機構填列年度納稅申報表，但只需要填列有限的幾項，與總機構的年度納稅申報完全是兩個概念。同時，為便利就地實施稅務檢查，也需要分支機構報送參與企業年度納稅調整情況的說明，該說明由總機構確認后提交，涉及需由總機構統一計算調整的項目不進行說明。
　　五、對二級分支機構查補稅款如何計算？如何在總分機構之間進行分攤？依據的原則是什么？
　　稅務總局廣泛征求了財政部、各省市國地稅局以及部分納稅人的意見。綜合各方反饋意見，對二級分支機構查補稅款計算與分攤入庫問題的處理要遵循三個原則，一是要堅持法人所得稅制，二是要遵循40號文件的基本分配框架，三是要盡量提高二級分支機構所在地稅務機關就地監管的積極性。
　　基于此，《辦法》第二十八條明確，二級分支機構所在地主管稅務機關可自行對其主管二級分支機構實施稅務檢查，但對查補稅款的計算應按照法人所得稅制的要求進行，不得侵犯納稅人的合法權益。同時明確，對二級分支機構的查補稅款，50%應分配給總機構繳納（總機構所在地和中央國庫待分配賬戶各占25%），50%分配給參與檢查的二級分支機構繳納，沒參與檢查的其他二級分支機構不參與查補稅款的分配。這樣，既堅持了40號文件的基本分配格局，又適當體現了對就地監管努力的尊重，有利于提高征管效率，堵塞征管漏洞。另外，對這一問題的處理，也將在稅務總局與財政部、中國人民銀行聯合發布的文件中得到體現。
　　六、跨地區經營匯總納稅企業哪些機構就地分攤繳納企業所得稅？哪些機構不就地分攤繳納企業所得稅？
　　（一）就地分攤繳納企業所得稅的機構。《辦法》第四條規定：總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構，就地分攤繳納企業所得稅。二級分支機構，是指匯總納稅企業依法設立并領取非法人營業執照（登記證書），且總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理的分支機構。這是對二級分支機構法律形式和運營特點的一般概括。
　　辦法同時明確了一種視同二級分支機構的情形，屬于二級分支機構特例。第十六條第一款規定：總機構設立具有主體生產經營職能的部門（非辦法第四條規定的二級分支機構），且該部門的營業收入、職工薪酬和資產總額與管理職能部門分開核算的，可將該部門視同一個二級分支機構，按辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅；該部門與管理職能部門的營業收入、職工薪酬和資產總額不能分開核算的，該部門不得視同一個二級分支機構，不得按辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。
　　（二）不就地分攤繳納企業所得稅的機構。《辦法》第五條明確了不就地分攤繳納企業所得稅的二級分支機構，具體包括：（1）不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅、營業稅的產品售后服務、內部研發、倉儲等匯總納稅企業內部輔助性的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。（2）上年度認定為小型微利企業的，其二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅。（3）新設立的二級分支機構，設立當年不就地分攤繳納企業所得稅。（4）當年撤銷的二級分支機構，自辦理注銷稅務登記之日所屬企業所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業所得稅。（5）匯總納稅企業在中國境外設立的不具有法人資格的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。
　　對新設立的二級分支機構，第十六條第二款、第三款明確了兩種例外情形，即不視同新設二級分支機構的情形，主要考慮這些機構之前已經存在并已就地分攤繳納稅款，重組之后繼續作為二級分支機構管理的，按照實質重于形式的原則，不應作為新設分支機構，應該按規定繼續計算分攤并就地繳納稅款。具體包括企業外部重組與內部重組兩種情形：（1）匯總納稅企業當年由于重組等原因從其他企業取得重組當年之前已存在的二級分支機構，并作為本企業二級分支機構管理的，該二級分支機構不視同當年新設立的二級分支機構，應按辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。（2）匯總納稅企業內就地分攤繳納企業所得稅的總機構、二級分支機構之間，發生合并、分立、管理層級變更等形成的新設或存續的二級分支機構，不視同當年新設立的二級分支機構,應按辦法規定計算分攤并就地繳納企業所得稅。
　　七、分支機構計算分攤稅款的三個因素如何確定？計算分攤稅款的比例是否調整？
　　（一）“三因素”的確定。《辦法》第十五條明確規定，總機構應按照上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例。這就將“三因素”的所屬區間統一限定為“上年度”，改變了28號文件對“三因素”所屬區間“1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度”的規定，保證了一個納稅年度內上半年預繳、下半年預繳以及匯算清繳都采用一個所屬區間的“三因素”數額計算分配比例，還可以克服新設立企業第二年上半年因沒有上上年度“三因素”數額而無法參與就地分攤繳稅的問題。
　　第十七條又細化了“三因素”的具體所屬區間和具體內涵，即上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額，是指分支機構上年度全年的營業收入、職工薪酬數據和上年度12月31日的資產總額數據，是依照國家統一會計制度的規定核算的數據。明確了“三因素”是會計核算數據，而不是《企業所得稅法》規定的概念，不需要進行納稅調整，這可以提高“三因素”的確定性，減少總分支機構主管稅務機關之間的分歧。
　　（二）分攤稅款比例的調整。第十五條規定，分支機構分攤比例按《辦法》規定方法一經確定后，當年一般不作調整，即在當年預繳稅款和匯算清繳時均采用同一分攤比例。針對上市公司等在首次預繳分攤采用的“三因素”與其后經過注冊會計師審計的“三因素”數據存在差異的情況，第十七條進一步說明，一個納稅年度內，總機構首次計算分攤稅款時采用的分支機構“三因素”數據，與此后經過中國注冊會計師審計確認的數據不一致的，不作調整，保證了年度內分攤比例的一致性。
　　同時，第十五條也針對個別情況規定了例外情形，即出現《辦法》第五條第（四）項（當年撤銷分支機構不再參與分攤）和第十六條第二款（總機構設立具有主體生產經營職能部門視同分支機構，參與分攤）、第三款（企業外部重組與內部重組形成新分支機構不視同新設分支機構，參與分攤）情形外，應重新計算分攤比例。考慮到這是例外情形，并不會對分配比例的一致性造成沖擊。
　　八、跨地區經營匯總納稅企業2012年度匯算清繳是否適用該《辦法》？2013年度預繳企業所得稅款時如何與現行的預繳申報表銜接？
　　40號文件和《辦法》均自2013年1月1日起施行，考慮到企業所得稅“按年計算，分月或分季預繳，年終匯算清繳”的特點，匯總納稅企業2012年度企業所得稅匯算清繳時仍適用財預[2008]10號文件和28號文件，不適用40號文件和《辦法》。
　　考慮到40號文件與財預[2008]10號文件相比，跨地區經營匯總納稅企業所得稅分配及預算管理格局并無實質調整，不擬同步修訂現行的匯總納稅企業所得稅預繳申報表和分支機構所得稅分配表。匯總納稅企業2013年度開始預繳企業所得稅時，仍可按《國家稅務總局關于發布<中華人民共和國企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表>等報表的公告》（稅務總局公告2011年第64號）和《國家稅務總局關于發布<中華人民共和國企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表>等報表的補充公告》（稅務總局公告2011年第76號）規定的表格進行稅款分配和預繳，表格中項目內容與《辦法》不一致的，按《辦法》執行。