第四十九條　企業之間支付的管理費、企業內營業機構之間支付的租金和特許權使用費，以及非銀行企業內營業機構之間支付的利息，不得扣除。
　　「釋義」　本條是關于企業發生的一些特殊費用不準扣除的規定。
　　本條的內容是條例新增的規定，原內資、外資稅法對此均未作直接規定。本條規定的不得扣除費用包括。
　　一、企業之間支付的管理費
　　原外資稅法規定，企業不得列支向其關聯企業支付的管理費。本條改變了原外資稅法的規定，明確規定，企業無論是接受關聯方還是非關聯方提供的管理或其他形式的管理服務而發生的管理費，不得扣除。現行市場經營活動中，企業之間的分工日益精細化和專門化、專業化，從節約企業成本角度等考慮，對于企業的特定生產經營活動，委托其他企業或者個人來完成，較之企業自己去完成，可能更為節約，所以就出現了企業之間提供管理或者其他形式的服務這種現象。但是企業之間支付的管理費，既有總分機構之間因總機構提供管理服務而分攤的合理管理費，也有獨立法人的母子公司等集團之間提供的管理費。由于企業所得稅法采取法人所得稅，對總分機構之間因總機構提供管理服務而分攤的合理管理費，通過總分機構自動匯總得到解決。對屬于不同獨立法人的母子公司之間，確實發生提供管理服務的管理費，應按照獨立企業之間公平交易原則確定管理服務的價格，作為企業正常的勞務費用進行稅務處理，不得再采用分攤管理費用的方式在稅前扣除，以避免重復扣除。
　　二、企業內營業機構之間支付的租金和特許權使用費
　　過去，內資企業基本納稅實體界定上遵循獨立核算標準，將企業內部能夠獨立核算的營業機構或者分支機構作為獨立納稅人處理，為準確反映企業不同營業機構的應納稅所得額，對內部提供管理服務、融通資金、調劑資產等內部往來活動一般需要按照獨立交易原則處理，分別確認應稅收入和費用。企業內部營業機構屬于企業的組成部分，不是一個對外獨立的實體，根據企業所得稅法匯總納稅的規定，它不是一個獨立的納稅人，而應由企業總機構統一代表企業來進行匯總納稅。實踐中，企業出于管理和生產經營等因素的需要，可能采取相對獨立的內部營業機構管理，內部營業機構在企業內部具有相對獨立的資產、經營范圍等，這就可能使這些內部營業機構之間可能發生類似于獨立企業之間進行的所謂融通資金、調劑資產和提供經營管理等服務，但是企業內部營業機構之間進行的這類業務活動，屬于內部業務活動，雖然在不同內部營業機構之間，可能也有某種賬面記錄，也區分不同內部營業機構之間的收入、支出等等，但是在繳納企業所得稅時，由于它們不是獨立的納稅人，需由企業匯總納稅，所以對于這些內部業務往來所產生的費用，均不計入收入和作為費用扣除。
　　三、非銀行企業內營業機構之間支付的利息
　　與企業內營業機構之間支付的租金和特許權使用費不得扣除的理由類同，非銀行企業內營業機構之間的資金拆借行為，本身是同一法人內部的交易行為，其發生的資金流動，不宜作為收入和費用體現；另外，由于企業內各營業機構不是獨立的納稅人，而且企業所得稅法實行法人所得稅，要求同一法人的各分支機構匯總納稅，即取得利息收入的營業機構作為收入，支付利息的營業機構作為費用，匯總納稅時相互抵消，在稅前計入收入或者扣除沒有實際意義。但是，需要注意的是，這部分不得扣除的費用，不包括銀行企業內部營業機構之間支付的利息，這主要考慮到銀行企業內部營業機構主要從事的就是資金拆借行為，其成本和費用的支出，主要就體現為利息，如果不允許銀行企業內營業機構之間支付的利息扣除，對各銀行企業內營業機構的會計賬務、業績等都無法如實準確反映，且由于實行法人匯總納稅后，準許銀行企業內營業機構之間支付的利息扣除，相應獲取這部分利息的其他銀行企業內營業機構就將這部分利息作為收入，兩者相抵，并不影響企業的應納稅總額，國家的稅收利益不會受到影響。
　　第五十條　非居民企業在中國境內設立的機構、場所，就其中國境外總機構發生的與該機構、場所生產經營有關的費用，能夠提供總機構出具的費用匯集范圍、定額、分配依據和方法等證明文件，并合理分攤的，準予扣除。
　　「釋義」　本條是關于非居民企業總分機構之間有關費用的扣除規定。
　　非居民企業在中國境內設立的機構、場所要取得某種收入，往往需要其在中國境外的總機構提供某種管理或者其他生產經營方面上的支撐服務，有些費用支出可能是通過總機構或者由總機構所負擔的，雖然企業所得稅法實行的是法人稅制，但是根據企業所得稅法第三條的規定，在中國境內設立機構、場所的非居民企業在中國只負有限的納稅義務，就其在中國境內所設立的機構、場所獲取的來源于中國境內的所得和來源于境外但與所設機構、場所有實際聯系的所得納稅，若不允許非居民企業在中國境內所設機構、場所分攤其在中國境外總機構所發生的有關費用，可能會出現這些機構、場所的特定生產經營活動的費用支出無法得以體現，也不符合收入與支出的配比原則，所以原外資稅法實施細則規定，外國企業在中國境內設立的機構、場所，向其總機構支付的同本機構、場所生產、經營有關的合理的管理費，應當提供總機構出具的管理費匯集范圍、總額、分攤依據和方法的證明文件，并附有注冊會計師的查證報告，經當地稅務機關審核同意后，準予列支；外商投資企業應當向其分支機構合理分攤與其生產、經營有關的管理費。本條沿襲了原外資稅法實施細則的規定，允許非居民企業向其在中國境內設立的機構、場所分攤有關費用，但必須滿足以下幾個要求。
　　一、所分攤的費用必須是由中國境外總機構所負擔，且與其在中國境內設立的機構、場所生產經營有關。即，首先這部分允許分攤的費用，必須是由非居民企業在中國境外的總機構所負擔，且這部分費用是與其在中國境內設立的機構、場所的生產經營有關，否則不得作為本條規定的分攤費用。
　　二、在中國境內設立的機構、場所能夠提供總機構出具的費用匯集范圍、定額、分配依據和方法等證明文件。
　　這主要是考慮到，基于稅收管轄權上的局限性以及稅務機關征管能力的局限性等，若沒有非居民企業在中國境內設立的機構、場所的協助，中國的稅務機關可能無法掌握總分機構之間的費用往來情況，所以有必要規定非居民企業在中國境內設立的機構、場所有提供證明文件的義務。
　　三、有關費用必須是合理分攤的，才準予扣除。
　　這是企業所得稅稅前扣除中收入與支出配比原則基本要求，若存在證據表明總機構分攤給中國境內分支機構的有關費用不合理的，或者通過亂攤費用，以獲取某種非法稅收利益的，將不允許扣除這些費用。